中国农业大学肇始于1905年成立的京师大学堂农科大学。1949年9月，北京大学农学院、清华大学农学院和华北大学农学院合并成立北京农业大学。1952年10月，北京农业大学农业机械系与华北农业机械专科学校、中央农业部机耕学校合并成立北京机械化农业学院，同年11月，平原农学院并入北京机械化农业学院，1953年7月更名为北京农业机械化学院，1985年10月更名为北京农业工程大学。1995年9月，北京农业大学和北京农业工程大学合并组建中国农业大学。

长期以来,学校的建设与发展得到了国家的高度重视。北京农业大学于1954年被国务院列为全国6所重点院校之一，于1984年被列为全国重点建设的10所高等院校之一。北京农业机械化学院于1960年被列为全国64所重点大学之一。学校于1995年进入首批“211工程”建设行列，于2004年被确定为“985工程”重点建设的高水平研究型大学，2017年入选一流大学建设高校（A类）。